각 군 검찰단 고등검찰부는 「군사법원법」(이하 "법"이라 한다) 제36조제4항 단서에 따라 다음 각 호의 권한의 전부 또는 일부를 국방부검찰단 고등검찰부에 위탁할 수 있다.
1. 법 제141조제6항에 따른 석방의 지휘 및 통지
2. 법 제303조제2항에 따른 재정신청에 관한 처리
3. 법 제392조제1항 단서에 따른 형의 집행유예의 취소 청구
4. 법 제2편제3장에 따른 상소
5. 법 제493조 및 제495조에 따른 비상상고의 제기 청구 및 진술
6. 법 제503조제2항 본문에 따른 원심군사법원의 재판집행 지휘