제79조의9 (공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례)

**①** 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 물류시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 재정경제부령으로 정하는 것을 말한다. <개정 2025.12.30>

1. 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설
2. 「물류정책기본법」 제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설

**②** 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 해당 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2023.6.7>

1. 수도권과밀억제권역
2. 부산광역시(기장군은 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군 및 군위군은 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다.
3. 행정중심복합도시등

**③** 법 제85조의9제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2019.2.12>

1. 해당 공익사업 시행지역에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 "기존물류시설"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액
2. 기존물류시설의 양도가액 중 지방에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 "지방물류시설"이라 한다)의 취득(지방에서 물류시설을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

**④** 법 제85조의9제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익
2. 기존물류시설 양도가액 중 지방물류시설의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

**⑤** 제3항 및 제4항을 적용할 때 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 지방물류시설을 취득하지 아니한 경우 지방물류시설의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

**⑥** 법 제85조의9제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. <개정 2025.12.30>

1. 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존물류시설을 양도하는 경우
2. 기존물류시설을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하는 경우

**⑦** 법 제85조의9제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제85조의9제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액
2. 법 제85조의9제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

**⑧** 법 제85조의9제1항을 적용할 때 제5항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 경우에는 실제 취득가액을 기준으로 제3항 및 제4항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대해서는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

**⑨** 법 제85조의9제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존물류시설의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>

**⑩** 법 제85조의9제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 할 때 재정경제부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>

**⑪** 제5항을 적용받은 후 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하였을 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>